中国药科大学综合门诊部分属基建后勤处，设有玄武门校区和江宁校区两个医疗点。玄武门校区门诊部于1959年设立，现注册在鼓楼区卫计局；江宁校区门诊部于2006年设立，现注册在江宁区卫计局。

     综合门诊部现有卫技人员28人（在职在岗10人，外聘人员18人），其中高级职称7人，具有研究生以上学历6人，设有内科、外科、妇科、中西医结合科、五官科、预防保健科以及医学检验科、医学影像科（x线、超声、心电图）、护理部等临床及医技科室。目前拥有数字化x线摄影系统（DR）二套、全自动生化仪二台、西门子彩色超声诊断仪二台、十二道常规心电图机四台、血球仪二台、尿液分析仪二台、血流变分析仪一台、糖化血红蛋白检测仪一台、低频电子脉冲治疗仪一台等先进的医疗仪器设备。配置了计算机网络管理系统。

     综合门诊部承担的主要任务为：

     1、负责学校师生常见病、多发病的诊治工作；

     2、承担南京市城镇职工医保、大学生医保的管理和日常工作；

     3、负责常见传染病的防控工作及院感相关工作；

     4、定期开展健康教育活动；

     5、配合相关部门做好学校食品卫生的监督、检查工作；

     6、配合学校做好公共卫生突发事件的处置工作；

     7、负责指导学校的红十字会工作及大学生应急救助工作；

     8、承担学校师生各类型体检及健康监测、指导工作；

     9、承担学校大型活动的医疗保健工作。

     综合门诊部全体职工秉承“关爱师生，呵护生命”的理念，认真履行门诊部职能，不断提升各项工作水平，竭诚为广大师生员工提供更加优质的医疗服务。